描述
染色质免疫共沉淀（ChIP）是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing （ChIP Sequencing ），可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。
技术优势
采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。
技术路线
描述
研究内容
1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，富集的信息进一步分析转录因子的结合motif、作用通路等
2、确定组蛋白修饰情况，检查不同组蛋白之间结合相同的基因在TSS上的位置，这样可以看出缺少某一类组蛋白之后，基因是否表达，验证这个组蛋白具有的功能和意义。
3、比较组蛋白亚基之间在基因组上结合的基因的包含关系。
4、利用ChIP-seq也可以得到核小体定位图谱。
5、 ChIP-seq也可研究DNA甲基化情况。
信息分析内容
1)   数据过滤质控；
        a)   数据产出统计
        b)   质量、碱基比例分布图
2)   ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对（基于1）；
        a)  比对结果统计
        b)  基因组测序深度累积分布
        c)  基因测序深度分布
3)   Peak 分析（基于2）；
        a)   Peak扫描
        b)   Peak长度分布
        c)   Peak深度分布
4)   Peak注释（基于3）；
        a)  Peak在基因功能元件上的分布
        b)  Peak相关基因分析
        c)  Peak相关基因的GO功能显著性富集分析
        d)  Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析
5)   鉴定样品间差异Peak（基于2,3）；
        对两个样品进行差异分析，确定存在样品间差异修饰的区间。
6)   样品间差异Peak注释（基于5）；
        a) 差异Peak的基因功能元件分布
        b) 差异Peak相关基因分析
        c) 差异Peak相关基因的GO功能显著性富集分析
        d) 差异Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析
7)   免费提供UCSC genome browser 使用说明（基于2,3）。
定制化信息分析
        可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容（如甲基化与转录组关联分析等）。
logo2
Copyright @ 2019-2022 桓峰基因科技（北京）有限公司All rights reserved.
京ICP备2022036195号-1
  • 公众号
    微信公众号
  • b站
    B站
  • 抖音
    抖音
公司
电话