全长转录组基于PacBio的单分子实时测序技术，可以直接得到全长转录本信息，无需组装，更大限度的保证了转录组测序结果的准确性，补充已注释基因组的基因注释结果，发现新的基因和转录本，鉴定可变剪接、基因融合现象、APA位点（Alternative polyadenylation，选择性多聚腺苷化位点）等，并改善基因表达定量。
对于无参考序列的物种，全长转录组测序可以构建高质量的基因集，为后续物种的功能研究奠定基础。
对于有参考序列的物种，可发现新的转录本，完善参考基因集；并鉴定可变剪接、基因融合等结构变异。
此外在基因组研究中，全长转录组还可以用于辅助基因组基因注释。
