1. 确定差异lncRNA表达
利用 RT-PCR 或者 RT-qPCR 检测 lncRNA 在不同细胞或者组织中的表达水平。
2. 探究 lncRNA 特点
（1）通过 QD-FISH 原位杂交技术定位；或者通过细胞核质分离试剂盒得到 RNA，qRT-PCR 检测其分布；
（2）全长序列试验方法：通过 5′RACE 获取 lncRNA5′ 全长， 3′RACE 获取 lncRNA3′ 全长，最终得到 lncRNA 完整的全长序列。
3. lncRNA的功能研究。
lncRNA 较长，承载的信息量多，更容易形成高级结构，其功能具有多样化和特异性强的特点。类似于 miRNA，探讨 lncRNA 功能可用 gain/loss of function 策略，过表达或沉默 lncRNA 后观察表型。即研究 lncRNA 功能获得后或者功能缺失后对细胞增殖、凋亡、侵袭、转移与克隆形成，以及病毒的转录复制等的影响。
（1）功能获得性研究构建 lncRNA 过表达质粒或者慢病毒、腺病毒包装载体。原则上是将全长 lncRNA 定向克隆到表达载体上实现 lncRNA 的过表达。然而有些 lncRNA 很大或全长尚未分离，这时将视 lncRNA 在基因组上的定位采取不同的研究策略。在构建 lncRNA 表达质粒时，需关注 lncRNA 是否在蛋白编码基因的启动子区域或 3′-UTR 区域，勿遗漏重要区段。（2）功能缺失性研究可用 siRNA、shRNA、反义核酸、CRISPR/Cas9 等方法沉默 lncRNA，经 qRT-PCR 或 FISH 等验证后观察其对疾病相关基因表达和对细胞表型等的影响。
4. 机制研究
lncRNA 可与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作用，但是目前最常用的还是利用体外转录、RNA pull down、RNA-RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation）、CHIRP-seq（Chromatin isolation by RNA Purification）、MS 等技术手段。
5. 表达调控
将 lncRNA 表达与其他领域相结合，解释其调控机理。（1）DNA 甲基化和乙酰化：可通过检测相应基因甲基化、乙酰化差异与 lncRNA 结合分析。（2）转录因子：研究 lncRNA 与转录因子的调控机制。
6. 体内验证
有条件的实验室，可以继续在体内或者临床样本水平进行验证。
lncRNA的作用机制不清楚，lncRNA 的功能非常难研究。当前很多通过研究 miRNA 与 lncRNA 的调控关系来揭示非编码 RNA 的功能，最热门的要数 ceRNA 调控网络。相关的可利用资源包括：（1）starBase 平台构建了最全面的 CLIP-Seq 实验支持的 miRNA 和 lncRNA 的调控关系网络，包括构建了 ceRNA 调控网络 。（2）DIANA-LncBase 数据库 只是构建了基于单个 CLIP-Seq 数据的 miRNA 和 lncRNA 调控关系。
