桓峰基因——科技改变未来

空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。

单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。

技术优势

广泛的样本适用性：适合大多数组织类型

简单的操作流程：一个工作日内可完成从组织切片到文库的工作流程

较高的分辨率：每个捕获区域包含 5000 个 spots，每个 spots 捕获平均 1-10 个细胞

易于与组织学分析的实验室方法和工具集成

技术路线

研究内容

10x Genomics空间转录组技术可以应用于肿瘤、免疫、发育、神经和病理等研究方向。

肿瘤学：肿瘤微环境、肿瘤异质性、病程进展、癌症形态、肿瘤浸润淋巴细胞

免疫学：免疫细胞浸润、免疫细胞中的基因、表达特征、免疫群体的扩散

发育生物学：通过将基因表达直接定位到位置实现人类发育相关基因的发现、发现组织背景中与形态形成有关的基因

神经科学：绘制大脑的各个细胞层、区分正常与患病的大脑解剖特征

病理学：通过添加基因表达维度得出形态学结论、通过基因表达了解可能发生假阴性/假阳性的位置

信息分析内容

1.Normalization标准化

2.Dimensional reduction and clustering降维和聚类

3.Detecting spatially-variable features检测空间可变特征

4.Interactive visualization交互可视化

5.Integration with single-cell RNA-seq data与单细胞RNA-seq数据整合

6.Working with multiple slices处理多个切片

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