描述
转录组为特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有 RNA,主要包括 mRNA,某些情况下也包括非编码 RNA。转录组测序利用高通量测序技术,快速且全面地揭示某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有转录本信息,包括转录本表达量、可变剪接体、可变 polyA 位点等。
转录组测序结果准确性极大的受到文库扩增时 PCR 偏好性的影响:测序文库构建过程中,通常会进行10 轮左右的 PCR 扩增循环。如果建库起始量太低,或接头连接效率不高,还需要增加 PCR 扩增循环次数, 以提高文库的片段数量。在 PCR 扩增时,所有的文库片段并非以同等速率等量的扩增,扩增速率受到片段长度、GC 含量、片段浓度等多方面的影响,容易扩增的片段极大的被富集,一些含量较低的片段或碱基偏好严重的片段甚至完全丢失。
技术优势
(1)创新建库技术,为每一条 RNA 片段加上身份标签 UMI,测序全程可追溯;
(2)利用 UMI 数字标签,去除 PCR 扩增偏好干扰,还原样本原始组成;
(3)准确分析表达量、筛选差异表达基因,既不错选也不漏掉;
(4)有效降低建库起始量,100ng 即可达到 1ug 建库同等测序结果,更适合稀少珍贵的样本;
(5) UMI 技术具有纠错功能,可排除假阳性位点,准确锁定真实的 cSNP 位点;
(6) UMI 技术的纠错功能同样帮助准确锁定 RNA 编辑、可变剪接位点;
(7) UMI 技术全面应用于 mRNA、lncRNA、miRNA、circRNA 及免疫沉淀(MeRIP/RIP)获得的 RNA。
技术路线
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研究内容
比较转录组要求精准的序列信息,从表达水平反应转录组进化的动态变化,并寻找潜在的驱动基因变化。
个体机制要求准确的mRNA、smallRNA差异基因分析,构建miRNA及其靶基因的相关调控网络。
互作转录组寄生类RNA表达丰度较低,可通过增加PCR循环次数提高检出率同时保证准确性。
生物标志物适用于起始量较低或者富集较困难样本。
信息分析内容
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