扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。16S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩 16S/ITS的目标区域，通过检测目标区域的序列变异和丰度，以研究环境微生物多样性及群落组成差异。16S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域：ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于5.8S和28S之间。16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。

应用范围

医学领域：人体微生物与人体健康/疾病的关系，人体微生物对疾病干预过程的影响；

技术优势

鉴定到“种”：菌群多样性鉴定率先精细到“种”，分类更明确。数据库丰富：基于最新版Greengene和自建数据库，和自主开发的分析注释工具，最多可鉴定4414个种，覆盖2106个属，可鉴定菌种持续更新中。低成本：相比于传统菌落鉴定，分析通量更高，检测成本更低。

技术路线

取质量合格的基因组DNA样品30ng及对应的融合引物配置PCR反应体系，设置对应的PCR反应参数进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行纯化，完成建库。使用Agilent 2100 Bioanalyzer 对文库的片段范围及浓度进行检测。检测合格的文库在华大自主的DNBSEQ平台上进行测序。下机数据经过数据过滤，滤除低质量的reads，剩余高质量的Clean data方可用于后期分析；通过reads之间的Overlap关系将reads拼接成Tags；在给定的相似度下将Tags聚成OTU，然后通过OTU与数据库比对，对OTU进行物种注释；基于OTU和物种注释结果进行样品物种复杂度分析以及组间物种差异分析。

建库流程

16S/18S/ITS扩增子建库推荐融合引物建库方法，即提前合成融合了目标序列引物和上机接头、index等序列的引物，通过一步PCR扩增直接完成建库。主要步骤如下：

研究内容

16S/18S/ITS扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina测序将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及，丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。

信息分析内容

下机数据经过数据过滤，滤除低质量的reads，剩余高质量的Clean data方可用于后期分析；通过reads之间的Overlap关系将reads拼接成Tags；在给定的相似度下将Tags聚成OTU，然后通过OTU与数据库比对，对OTU进行物种注释；基于OTU和物种注释结果进行样品物种复杂度分析以及组间物种差异分析。